เมื่อจักรวรรดิฝรั่งเศสที่ 2 ล่มสลาย หลังจากฝรั่งเศสพ่ายแพ้ในสงครามฝรั่งเศส - ปรัสเซีย (the Franco-Prussian War) พระจักรพรรดินีและพระสวามีของพระนางได้เสด็จลี้ภัยไปอังกฤษ ได้ตั้งรกรากที่คริสเลเฮิร์ท เคนต์ หลังจากพระสวามีสิ้นพระชนม์ใน พ.ศ. 2416 และตามด้วยพระโอรสในปี พ.ศ. 2422 พระนางได้ทรงย้ายไปที่ฟรานเบิร์ก แฮมเชียร์ ในปี พ.ศ. 2428 ที่ในชนบท "Cyrnos" ทรงอยู่อย่างสันโดษและไม่ยุ่งเกี่ยวกับการเมือง

หลังจากการสิ้นพระชนม์ของพระสวามีและพระโอรสทำให้สุขภาพของพระนางทรุดโทรมลง แพทย์ได้แนะนำให้พระนางเสด็จเยือนบอร์นมัธ ที่ซึ่งมีที่พักเพื่อสุขภาพ แต่อดีตพระจักรพรรดินีเออเฌนีได้สิ้นพระชนม์ในวันที่ 11 กรกฎาคม พ.ศ. 2463 พระชนมายุ 94 พรรษา ในระหว่างเสด็จเยี่ยมพระญาติที่ มาดริด พระนางเป็นพระมารดาทูนหัวในเจ้าหญิงวิกตอเรีย ยูจีนีแห่งแบ็ตเต็นเบิร์ก พระธิดาในเจ้าฟ้าหญิงเบียทริซแห่งสหราชอาณาจักร ผู้ซึ่งหลังจากนั้นเป็นพระมเหสีในพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 13 แห่งสเปน